日本留学能考什么大学？
“日本留学能考什么大学”，这是一个有些宽泛的问题，其实题主的意思应该是想说 “以我的条件能不能考帝大、东大、京大这样的顶级名校” 吧。（答主既然要谦虚那我就只能配合一下了哈哈哈） 以我在日本十几年帮助很多同学升学的经验来看，绝大多数同学来日本都是为了考上最好的学校，所以帝大东大京大这样的顶级名校一直是同学们心中最理想的目标。
先上结论！ 以答主的从业经验来看， 以题主现在的情况是有机会冲一冲帝大东大的，但京大可能希望不大。 为什么这么说呢？
1.首先从GPA来看， 题主的GPA不算低，在国内能申到不错的院校，但这在日本升学中只是一块敲门砖，GPA高的同学有很多，但最后能拿到心仪offer的同学却并没有多少。其原因在于日本的考试制度跟国内不一样，在考试中是否发挥好的水平是决定最终结果的重要因素。另外，跟其他国公立大学相比，早稻田大学的门槛确实算比较高的，这一点跟国内的985高校类似。
2.接着从语言成绩上来看， 托福96的成绩对于申请日本大学来说已经足够了，很多文理科专业甚至不需要提交英语成绩。
3.从课外活动来看， 有两段实习经历和一段研究体验对于升学来说已经足够了，再增加一些课外活动反而有可能起到负面影响。因为博士阶段的研究是非常重要的，如果本科没有明确的研究方向而只参加了很多课外活动的话，在面试过程中老师很可能会就你的兴趣点进行追问，如果没有做好相应的准备话有可能会对面试结果产生不利影响。
4. 最后从文书材料上来看， PS、CV、推荐信等材料只要认真编写且内容切合实际需要就不会有太大的问题；而研究计划书则要根据自己所选的方向提前写好并不断修改定稿。
关于研究计划书的撰写可以参考我之前的回答： 总之，答主虽然嘴上说着“不敢妄言能上帝国大学”“希望不大”这类的话来谦虚，但实际上根据以往的经历来说， 以题主目前的条件是不至于连帝国大学的大门都摸不到的， 但究竟能申请到什么学校什么专业还要视当年的出愿情况而定。