韩国为什么有保证金？
看了下题目，题主应该是对担保金制度有些疑问，这里解释下。 首先需要明确一点，对留学生的签证是分情况而定的，一般有两个，一个是以留学为目的的长期签证，还有一个是以工作为目的的C-4签证（这种比较少见） 以学习为目的的D-2签证的办理流程是这样的： 在申请时需要提供财产证明(存款证明)和学费支付证明、录取通知书等材料，审核通过之后使馆会发签证。
以工作为目的的C-4签证的申请流程是这样： 在申请时需要提供财产证明（或营业执照副本复印件加盖公章，税单或者社保证明等能证明申请人收入证明材料中的一种）及英文翻译件、身份证、户口本复印件、护照复印件、入学通知等相关材料，进行审核后，发放签证。
因为韩国政府鼓励外国留学生赴韩留学并带动当地消费，所以签证率是相当高的。 但是！注意重点来了，虽然签证率非常高，但是存在留学生毕业以后逾期滞留的现象。出现这种情况，一方面是学校方面可能没有给予毕业生合理的离校指导，另一方面也是留学生本人不清楚自己的签证类型，不了解该类型的签证在毕业以后应该怎么做。
出现这种现象，当然会让移民局对留学生群体产生一定的负面印象，进而采取一些措施来应对。因此就产生了题主所说的保证金机制。这个制度的初衷其实是在保护留学生群体的合法身份。 因为任何签证制度都是有风险的，作为外国人入境出境管理机关有责任也有义务保证所在国家公民的合法权利和义务不受侵犯。
以我自身经验来看，与签证官沟通时，是可以向他说明具体情况的（例如说在韩务工但签证到期最后一天正好是周末，他办公室周日不上班，如果提前一天或推后一天都会影响出勤；或是说是第一次入境时间不恰当等原因造成的突发情况），同时提供相应的证明文件（如机票行程单、住宿证明、在职证明、学位证明等能充分说明理由的材料），看是否能够“通融”一下。 但话说回来，确实存在不少学生利用学校的学籍身份长时间呆在韩国又不继续读书而是选择边打工边升学的情况，这样就给移民部门提供了监管难度。
从政府层面来说，他们需要考虑如何有效管控住这类人群，于是就有了现在的保证金政策——先收钱，让你无法逾期滞留。至于你说的突然通知要涨学费让本来计划外的人很不知所措，我觉得可能是校方为了减少因签证政策变化而导致的学生流失的情况所采取的措施之一吧。